Desde su entrada en vigor, la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, ha sido objeto de varias modificaciones si bien la que ahora se implementa es la de mayor calado, afectando a diversas partes del texto legal, que encuentran su justificación en motivos de diversa índole que más adelante se detallan, asegurando esta reforma, tanto en las materias que son objeto de modificación como en las de nueva incorporación, el mantenimiento del carácter codificador que de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, se reconoce en su exposición de motivos.

Las necesidades que tratan de ser cubiertas con el presente texto son de diversa índole, integrando modificaciones exclusivamente técnicas respecto de preceptos ya incorporados en la vigente Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, e incorporando nuevas figuras sustantivas y procedimentales para cubrir vacíos legales actualmente existentes o adaptar la norma para superar situaciones de controversia interpretativa, administrativas y jurisdiccionales, puestas de manifiesto a lo largo de estos años.

La Ley aclara que la prescripción del derecho a liquidar no trasciende, en ninguno de sus aspectos, al derecho a comprobar e investigar, derecho que sólo tendrá las limitaciones recogidas en la Ley en los supuestos en los que expresamente se señalan en el propio texto legal, específicamente el temporal máximo establecido para el inicio de comprobaciones de cuyo objeto formen parte determinados créditos fiscales, o las que, evidentemente, puedan establecerse en la ley propia de cada tributo. Se introduce una modificación en el ámbito de las obligaciones tributarias formales, para especificar, en relación con los libros registro, la posibilidad de que a través de norma reglamentaria se regule la obligación de llevanza de los mismos a través de medios telemáticos

Entre otras se recoge también una serie de modificaciones de la normativa reguladora del Impuesto sobre Sociedades, entre las que cabe destacar la modificación de aquellos apartados que establecen unos plazos específicos de comprobación de créditos fiscales, ya sean bases imponibles negativas, deducciones por doble imposición o incentivos fiscales, con el objeto de adecuar su redacción a la contenida en la Ley General Tributaria, evitando dudas interpretativas en relación con la realización de las actuaciones de comprobación a desarrollar por los órganos de la Administración Tributaria así como se reduce el perímetro de vinculación eliminando el supuesto de la vinculación entre una entidad y el cónyuge o familiares de los socios de una entidad que forme parte del mismo grupo.

Se introducen las modificaciones necesarias en la Ley 20/1990, de 19 de diciembre, sobre Régimen Fiscal de las Cooperativas, con el objeto de adaptar el tratamiento fiscal de las cuotas negativas al previsto para las bases imponibles negativas en la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades.

Se modifica el art. 24: “Si la suma algebraica a que se refiere el artículo anterior resultase negativa, su importe podrá compensarse por la cooperativa con las cuotas íntegras positivas de los períodos impositivos siguientes, con el límite del 70% (60% para 2016) de la cuota íntegra previa a su compensación.

En todo caso, serán compensables en el período impositivo cuotas íntegras por el importe que resulte de multiplicar un millón de euros al tipo medio de gravamen de la entidad” Se añade la disposición transitoria octava a la y 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades. En el ejercicio 2015, cuando la sociedad cooperativa tenga cuotas negativas de ejercicios anteriores pendientes de compensar y su volumen de operaciones haya superado la cantidad de 6.010.121,04 euros durante los 12 meses anteriores a la fecha tendrán el siguiente límite en la compensación:

 La compensación de cuotas negativas está limitada al 50% de la cuota íntegra previa a dicha compensación, cuando en esos 12 meses el importe neto de la cifra de negocios sea al menos de 20 millones de euros pero inferior a 60 millones de euros.

 La compensación de cuotas negativas está limitada al 25% de la cuota íntegra previa a dicha compensación, cuando en esos 12 meses el importe neto de la cifra de negocios sea al menos de 60 millones de euros. La limitación a la compensación de cuotas negativas no resultará de aplicación en el importe de las rentas correspondientes a quitas y esperas consecuencias de un acuerdo con los acreedores no vinculados con el contribuyente.